외계인 연합체 코버넌트군과 인류의 싸움을 기록한 우주 대서사시. 수백 년 후, 미래. 외계 연합체인 코버넌트군은 자신들에게 새로운 생명을 가져다 줄 것이라 생각되는 유적을 찾기 위해 전 우주를 배회하면서 자신들의 앞 길을 막아서는 문명과 종족들에 대해서는 무차별적인 파괴를 일삼는다. 이런 일련의 과정을 묵묵히 지켜보던 연합계 ...
300년 후의 미래. 유전자 변이를 일으킨 식물들이 생각을 할 수 있게 되고, 숲은 사람들을 습격하게 된다. 숲과 인간이 공생하고자 마련한 중립도시에 살고 있는 아기토는 접근금지 구역인 샘의 바닥에서 300년 전부터 잠들어 있는 소녀를 만나게 된다. 이 소녀는 인간 문명 사회를 구할 열쇠를 쥐고 있는데...