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21세기 중반경 세계 각국에 한 명씩 나타난 영웅들의 진력 끝에 지구에서 전쟁이 사라졌다. 일본의 히어로들은 부끄러움을 많이 타는 여자아이, 수줍음을 많이 탄다. 영웅으로서의 무거운 책무를 고민하고, 괴로워하면서도 사람들의 도움을 받아 히어로로서 조금씩 성장해 간다.

그런 가운데, 샤이의 앞에 나타난 것은 스티그마로 불리는 수수께끼의 소년. 거기서 샤이는, 타인의 마음을 이용해 폭주시키는, 무도한 힘을 눈앞에서 본다. 샤이들 히어로들은 세계 각국에서 협력하여 스티그마와 그가 인솔하는 조직 아마라릴크를 막기 위해 손을 맞잡고 싸워 나간다.