젊은 지도 제작자 마일로는 전설의 섬 아틀란티스에 가보는 것이 꿈이다. 바닷속 어딘가에 아틀란티스가 실재한다고 말할 때마다 바보 취급을 받던 마일로에게 한 괴짜 갑부가 아틀란티스를 찾는 중요한 단서인 고대 문서를 전해준다. 갑부의 후원으로 탐험대를 꾸린 마일로는 요란한 모험 끝에 신비의 땅 아틀란티스를 발견한다.
마야 문명이 번창하던 시절, 평화로운 부족 마을의 젊은 전사 표범 발은 가족과 함께 행복한 나날을 보내며 살아가고 있다. 어느 날, 잔인한 전사로 구성된 침략자들이 마을을 습격하여 부족민을 학살하고 젊은 남녀를 그들의 왕국으로 끌고 가는 일이 발생한다. 표범 발은 이 혼란 속에 그의 아내와 어린 아들을 깊숙한 우물에 숨긴 채 ...